1944 metais dar tebevykstant Antrajam Pasauliniam karui buvo įkurta Kauno „Žalgirio“ sporto draugija. Tų pačių metų spalio mėnesį buvo suorganizuotos pirmosios varžybos – kvalifikacinis Kauno krepšinio komandų turnyras, kuriame žalgiriečius atstovavo dvi komandos – „Žalgiris I“ ir „Žalgiris II“. 1944 metų spalio 13 dieną buvo sužaistos pirmosios oficialios rungtynės.

Lietuvai atgavus nepriklausomybę Kauno „Žalgirio“ antroji komanda vadinosi „LKKA-Žalgiris“.

2003-iais metais „LKKA-Žalgiris“ komanda pakeitė pavadinimą ir dabar vadinasi Kauno „Žalgiris-Sabonio mokykla“.

Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ vaikinus (iki 2006 m. kovo mėn. pabaigos) treniravo ilgametis šio klubo strategas Rimantas Grigas, kuris ekipai vadovavo dešimt metų (1988-1992 m. ir nuo 1999 m.). 2003-iais metais „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ krepšininkai tapo tuometinės LKAL čempionais, atkrintamosiose varžybose nepatyrę nė vieno pralaimėjimo. Dar nesibaigus 2005/06 m. sezonui, R.Grigas buvo pakviestas į pagrindinę „Žalgirio“ komandą, o vyriausiuoju „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ ekipos treneriu tapo buvęs jo asistentas Rimvydas Samulėnas. Jam talkino prie komandos prisijungęs buvęs žalgirietis, Barselonos olimpinių žaidynių (1992 m.) ir Europos čempionato (1995 m.) prizininkas Arūnas Visockas.

Kauno „Žalgirio“ jaunimo komanda dalyvauja ir tradiciniuose tarptautiniuose turnyruose. Prestižinį Vilagarsijos turnyrą Ispanijoje jaunieji žalgiriečiai yra laimėję net keturis kartus: 2000, 2003, 2004 ir 2006 m.

Ypač sėkmingame 2002/03 m. sezone be pergalės LKAL čempionate ir Vilagarsijoje „Žalgirio“ jauniai (iki 18 metų bei jaunesni) triumfavo ir debiutiniame Eurolygos jaunių komandų turnyre. Vėliau, 2005 ir 2006 m., jaunieji žalgiriečiai pateko į Eurolygos jaunių turnyrų finalus, kuriuose abu kartus nusileido Maskvos CSKA bendraamžiams. Dar kartą Eurolygos jaunių turnyro nugalėtojų taurę „Žalgirio“ dubleriai į viršų kėlė 2007 m. Atėnuose vykusio Eurolygos finalinio ketverto metu.

LKAL persivadinus į Nacionalinę krepšinio lygą (NKL) „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ komanda visuomet būdavo tarp lyderių. 2007/08 m. sezone jaunieji žalgiriečiai įveikė ne vieną iš vyresnių krepšininkų sudarytą ekipą ir tapo NKL čempionais. 2008 m. vasarą „Žalgirį-Sabonio mokyklą“ paliko komandos branduolys, todėl naujojo sezono sudėtį teko papildyti dar jaunesniais krepšininkais, kuriems pirmiausia yra keliamas tikslas stiprėti ir tobulėti.

Kauno „Žalgirio“ dublerių ekipa per ilgą klubo istoriją išaugino visą būrį talentingų krepšininkų, Lietuvos žvaigždžių. Šioje komandoje žaidė Arvydas Sabonis, Šarūnas Marčiulionis, Gintaras Krapikas, Valdemaras Chomičius, Rytis Vaišvila, Žydrūnas Ilgauskas, Saulius Štombergas, Mindaugas Timinskas, Šarūnas Jasikevičius, Virginijus Praškevičius ir kiti garsūs mūsų šalies krepšininkai, kurie sudarydavo Lietuvos nacionalinės rinktinės pagrindą arba garsino Lietuvą rungtyniaudami užsienio klubuose.

Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ klubo jaunieji žaidėjai nuolat papildo Kauno „Žalgirio“ ekipą bei kitus krepšinio klubus.

Kauno „Žalgiris-Sabonio mokyklos“ komandoje karjerą pradėjo Paulius Jankūnas, Simonas Serapinas, Jonas Mačiulis, Martynas Andriuškevičius, Mantas Kalnietis, Artūras Milaknis, Povilas Butkevičius, Šarūnas Vasiliauskas ir kt.

2005 metais Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ krepšininkai Paulius Jankūnas, Darius Šilinskis, Jonas Mačiulis, Gediminas Navickas, Rolandas Alijevas tapo pasaulio vaikinų (iki 21 metų) čempionato nugalėtojais.

2005 metais Europos jaunimo (iki 20 metų) vicečempionais tapo Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ žaidėjai: Jonas Mačiulis, Mantas Kalnietis, Juozas Ramanauskas.

2006 metais Europos jaunių (iki 18 metų) vicečempionais tapo Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ žaidėjai: Paulius Kleiza, Rokas Ūzas.

2007 metais pasaulio studentų universiados čempionais tapo Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ auklėtiniai: Jonas Mačiulis, Mantas Kalnietis, Darius Šilinskis, Rolandas Alijevas, Vytenis Jasikevičius.

2008 metais Europos jaunučių (iki 16 metų) čempionais tapo Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ krepšininkai: Vytenis Čižauskas, Tomas Urbonas, Rolandas Jakštas.

2008 metais Europos jaunių (iki 18 metų) vicečempionu tapo ir naudingiausiu pirmenybių žaidėju buvo išrinktas Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ krepšininkas Donatas Motiejūnas.

2008 metais Europos jaunimo (iki 20 metų) vicečempionais tapo Kauno „Žalgirio-Sabonio mokyklos“ žaidėjai: Šarūnas Vasiliauskas, Žygimantas Janavičius, Vytenis Lipkevičius, Adas Juškevičius, Donatas Motiejūnas, Vaidas Čepukaitis.

Svarbiausieji pastarųjų metų klubo pasiekimai:

• 1999 / 2000 – Lietuvos krepšinio A lygos bronzos medalių laimėtojai.
• 1999 / 2000 – Vilagarsijos (Ispanija) jaunimo turnyro nugalėtojai.
• 2001 / 2002 – Lietuvos krepšinio A lygos bronzos medalių laimėtojai.
• 2002 / 2003 – Lietuvos krepšinio A lygos čempionai.
• 2002 / 2003 – Vilagarsijos (Ispanija) jaunimo turnyro nugalėtojai.
• 2002 / 2003 – Eurolygos finalinio ketverto Barselonoje jaunių komandų turnyro čempionai.
• 2003 / 2004 – Vilagarsijos (Ispanija) jaunimo turnyro nugalėtojai.
• 2004 / 2005 – Eurolygos finalinio ketverto Maskvoje jaunių komandų turnyro finalininkai.
• 2005 / 2006 – Vilagarsijos (Ispanija) jaunimo turnyro nugalėtojai.
• 2005 / 2006 – Eurolygos finalinio ketverto Prahoje jaunių komandų turnyro finalininkai.
• 2006 / 2007 – Eurolygos finalinio ketverto Atėnuose jaunių komandų turnyro čempionai.
• 2007 / 2008 – Nacionalinės krepšinio lygos (NKL) čempionai.